SEJARAH EMPAYAR JOHOR LAMA

Sejarah Johor sudah pun bermula pada tahun 800 sebagai suatu petempat perdagangan yang penting. Semasa abad ke-14, kawasan itu menjadi wilayah tanggungan Empayar Majapahit sehingga pemerintahan Kesultanan Melaka (1400-1511) yang mana negeri Johor menjadi pula salah sebuah jajahan pemerintahannya. Pada tahun 1511, Melaka dikuasai oleh pihak Portugis dan Sultan Mahmud Shah, Sultan Melaka ketika itu, melarikan diri ke Pahang dan kemudiannya ke Bentan di Johor.

Kejatuhan Sultan Mahmud Shah


Di Bentan, Sultan Mahmud Shah mengumpulkan semula semua askarnya dan menyerang Melaka beberapa kali dan membuat sekatan perdagangan. Portugis merana kerana banyak serangan dilakukan oleh Sultan Mahmud Shah. Beberapa percubaan untuk menewaskan askar-askar Sultan Mahmud Shah dilakukan. Akhirnya, pada tahun 1526, seangkatan kapal yang besar di bawah Pedro Mascarenhaas dihantar oleh negeri Portugal untuk memusnahkan bandar Bentan. Sultan Mahmud terpaksa melarikan diri melintasi Selat Melaka ke Kampar, Sumatra di mana beliau mangkat. Baginda meninggalkan dua orang putera iaitu Tengku Muzaffar Shah dan Tengku Alauddin Riayat Shah.
Muzaffar Shah seterusnya menjadi Sultan Perak manakala Alauddin Riayat Shah menjadi sultan Johor yang pertama. Kesultanan Johor juga dikenali sebagai "Kesultanan Johor-Riau-Lingga".

Perang Tiga Segi


Sultan Alauddin Riayat Shah menubuhkan sebuah kota di Johor Lama yang terletaknya di tebing Sungai Johor dan dari situ terus melancarkan serangan ke atas kedudukan Portugis di Melaka. Baginda senantiasa bekerjasama dengan saudaranya di Perak dan juga dengan Sultan Pahang untuk menawan semula Melaka (pada ketika itu kota A Famosa telah dibina).
Di sebelah utara Sumatera pula pada masa yang sama, Aceh mula mengembangkan pengaruhnya untuk menguasai Selat Melaka. Selepas kejatuhan Melaka kepada Portugis yang beragama Kristian, pedagang-pedagang Muslim mula menjauhkan diri daripada Melaka dan singgah di Aceh. Melihat keadaan itu Portugis merasa tercabar kerana hasil perdagangannya semakin kurang.

Portugis dan Johor sentiasa berperang menyebabkan Aceh melancarkan serangan ke atas kedua-dua belah pihak. Kebangkitan Aceh di Selat Melaka mengakibatkan Johor dan Portugis berdamai dan bekerjasama melemahkan Aceh. Tetapi selepas Aceh menjadi lemah, Johor dan Portugis kembali berperang.


Belanda dan Melaka


Pada abad ke-17, Belanda tiba di Asia Tenggara. Belanda bukanlah sekutu atau kawan Portugis dan ini menyebabkan Belanda bersekutu dengan Johor untuk memerangi Portugis di Melaka. Akhirnya pada tahun 1641, Belanda dan Johor berjaya menewaskan Portugis. Melaka kemudiannya menjadi milik Belanda sehinggalah Perjanjian Inggeris-Belanda 1824 ditandatangani.


Perang Johor-Jambi


Semasa Perang Tiga Segi, Jambi yang berada di bawah kekuasaan Johor menjadi tumpuan ekonomi dan politik. Pada tahun 1666, Jambi cuba membebaskan diri daripada kekuasaan Johor dan di antara tahun 1666 hingga tahun 1673 terjadilah peperangan di antara Johor dan Jambi. Ibu kota Johor iaitu Batu Sawar dimusnahkan oleh angkatan Jambi. Hal ini menyebabkan ibu kota Johor sentiasa berpindah-randah.

Sepanjang perang itu Jambi yang sentiasa mendapat keuntungan. Tetapi pada tahun 1679, Laksamana Tun Abdul Jamil mengupah askar upahan Bugis untuk bersama-sama dengan tentera Johor menentang Jambi. Tidak lama kemudian Jambi pun tewas.

Krisis antara Johor dan Jambi bermula apabila kedua-dua pihak berselisih faham mengenai perebutan kawasan yang bernama Tungkal. Pada masa ini Johor diperintah oleh Sultan Abdul Jalil Shah III dan peranan pentadbiran lebih banyak dimainkan oleh Raja Muda. Dalam usaha untuk mendapatkan semula Tungkal dari tangan orang Jambi, orang Johor telah menghasut penduduk Tungkal untuk memberontak. Hal ini menimbulkan kemarahan Pemerintah Jambi. Namun kekuatan ketenteraan Johor yang disegani pemerintah Jambi pada waktu itu menyebabkan Jambi memilih untuk berdamai. Ketegangan antara Johor dan Jambi telah dapat diredakan menerusi perkahwinan antara Raja Muda Johor dengan Puteri Sultan Jambi pada tahun 1659.

Namun persengketaan antara Johor dan Jambi kembali meletus berpunca daripada tindakan kedua-dua pihak yang saling menghina kedaulatan kerajaan masing-masing. Johor telah memulakan episod perperangan dengan Jambi apabila menghantar 7 buah kapal untuk menyerang perkampungan nelayan Jambi pada bulan Mei 1667. Kegiatan perdagangan semakin merosot akibat perperangan yang berlaku kerana tiada jaminan keselamatan kepada pedagang untuk menjalankan urusniaga di kawasan bergolak ini. Hal ini menyebabkan kerugian ekonomi kepada Johor. Kemuncak peristiwa perperangan ini berlaku apabila Pengeran Dipati Anum mengetuai sebuah angkatan perang untuk menyerang dan memusnahkan Johor secara mengejut pada 4 April 1673. Serangan ini telah melumpuhkan sistem pentadbiran kerajaan Johor. Dalam usaha menyelamatkan diri, Raja Muda bersama seluruh penduduk Johor telah lari bersembunyi di dalam hutan. Bendahara Johor telah ditawan dan dibawa pulang ke Jambi.
Sultan Abdul Jalil Shah III pula melarikan diri ke Pahang. Baginda akhirnya meninggal dunia di sana pada 22 November 1677. Perperangan yang menyebabkan kekalahan kerajaan Johor ini telah mengakibatkan kerugian yang besar kepada Johor kerana Jambi telah bertindak merampas semua barang berharga milik kerajaan Johor termasuk 4 tan emas, sebilangan besar senjata api yang merupakan simbol kemegahan dan kekuatan Johor. Kehilangan senjata api dan tentera yang ramai menyebabkan kerajaan Johor tidak berupaya berbuat apa-apa secara tidak langsung menyebabkan kerajaan Johor runtuh.


Pengaruh Bugis dan Minangkabau


Sultan Mahmud Shah II mangkat pada tahun 1699 tanpa meninggalkan sebarang waris. Melihatkan keadaan itu, Bendahara Abdul Jalil melantik dirinya sebagai sultan baru dengan digelar Sultan Abdul Jalil Riayat Shah IV. Tetapi timbul perasaan tidak puas hati di kalangan pembesar-pembesar lain di atas perlantikan itu.
Orang Bugis yang memainkan peranan penting sewaktu Perang Johor-Jambi mempunyai pengaruh yang kuat di Johor. Selain daripada orang Bugis, orang Minangkabau juga mempunyai pengaruh yang kuat. Orang Bugis dan Minangkabau percaya dengan kematian Sultan Mahmud II, mereka dapat mengembangkan pengaruh mereka di Johor. Di kalangan orang Minangkabau terdapat seorang putera dari Siak iaitu Raja Kecil yang mengaku dirinya sebagai waris tunggal Sultan Mahmud II. Raja Kecil menjanjikan kepada orang Bugis bahawa sekiranya mereka menolongnya menaiki takhta dia akan melantik ketua orang-orang Bugis sebagai Yam Tuan Muda Johor.Pada masa itu orang-orang Bugis telah memberikan alasan untuk pergi ke Selangor bagi mengumpul orang-orangnya sebelum melancarkan serangan. Walau bagaimanapun, pada tahun 1717, Raja Kecil dan askar dari Siak (Minangkabau) telah menyerang Johor terlebih dahulu setelah terlalu lama menunggu kedatangan orang-orang Bugis. Pada 21 Mac 1718, Raja Kecil telah menawan Panchor. Raja Kecil melantik dirinya sebagai Yang Dipertuan Johor dan bergelar Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah. Setelah Raja Kecil berjaya menduduki tahta Johor orang-orang Bugis telah datang menuntut janji untuk dilantik sebagai Yam Tuan Muda. Permintaan ini telah tidak diperkenankan oleh Raja Kecil kerana orang-orang Bugis tadi telah tidak memberikan bantuan sebagaimana yang diminta oleh Raja Kecil.

Tidak puas hati dengan perlantikan Raja Kecil, bekas Bendahara Abdul Jalil meminta Daeng Parani ketua orang Bugis untuk menolongnya mendapatkan semula takhta.Permintaan ini telah dipersetujui oleh orang-orang Bugis kerana mereka juga kecewa kerana tidak dapat menuntut jawatan Yam Tuan Muda. Pada tahun 1722, Raja Kecil terpaksa meletakkan takhta kerana pengaruh Bugis. Anak Bendahara Abdul Jalil kemudiannya dilantik menjadi sultan dengan gelaran Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah. Tetapi Sultan Sulaiman hanyalah seorang sultan tetapi tidak mempunyai kuasa kerana Daeng Merewah, daripada orang Bugis yang memegang kuasa sebagai Yamtuan Muda.

Pentadbiran Empayar Johor


Kesultanan Johor meneruskan sistem pentadbiran terdahulu seperti yang diamalkan di Melaka. Kuasa pemerintah tertinggi ialah Yang di-Pertuan yang dikenali juga sebagai Sultan. Sultan dibantu oleh Majlis Orang Kaya yang berperanan menasihati Sultan. Ahli majlis ini ialah Bendahara, Temenggong, Laksamana, Shahbandar dan Seri Bija Diraja. Pada kurun ke 18, Bendahara tinggal di Pahang dan Temennggong Johor di Teluk Belanga, Singapura. Setiap mereka berperanan mentadbir kawasan mereka itu dengan kuasa yang diberikan oleh Sultan Johor. Oleh itu, kuasa pusat Empayar Johor dipecahkan.Ia menjadikan Empayar Johor terdiri dari 4 vasal/wilayah. Wilayah Muar dibawah Raja Temenggong Muar, Pahang dibawah kekuasaan Bendahara Johor, Riau dibawah Yam Tuan Muda dan tanah besar Johor dan Singapura dibawah kekuasaan Temenggong Johor. Seluruh empayar Johor diketuai oleh Sultan yang bersemayam di Lingga. Semua Orang Kaya kecuali Raja Temenggung Muar melapor terus kepada Sultan, Raja Temenggung Muar adalah berdaulat dan diakui oleh Sultan.


Pengaruh Empayar Johor


Sebagai Kesultanan menggantikan Kesultanan Melayu Melaka, maka pengaruh wilayahnya meliputi semenanjung selatan Malaysia, bahagian selatan-timur Sumatera dan Kepulauan Riau dan kawasan sekitarnya. Empayar ini termasuk negeri Pahang, Muar, Johor darat dan Riau Kepulauan. Pentadbiran pusat kekuasaan telah beberapa kali berpindah di Sayong Pinang, Kota Kara, Seluyut, Johor Lama, Batu Sawar dan Kota Tinggi, semua di Johor darat dan kemudian di Riau dan Lingga. Kemudian beralih dengan kelahiran Modern Kesultanan Johor ke Tanjung Puteri, yang sekarang dikenali sebagai Johor Bahru.



Singapura dan British


Pada tahun 1818, Sir Stamford Raffles dilantik sebagai Gabenor Bengkulu di Sumatera Barat. Namun, ia yakin bahawa Inggeris diperlukan untuk mendirikan pangkalan baru di Asia Tenggara untuk bersaing dengan Belanda. Meskipun banyak di British East India Company menentang idea seperti itu, Raffles berjaya meyakinkan Lord Hastings ketua Syarikat, kemudian Gabenor Jeneral India, untuk menyokongnya. Dengan persetujuan gabenor jeneral, dia dan ekspedisi berangkat untuk mencari markas baru. Ekspedisi Raffles tiba di Singapura pada 29 Januari 1819. Ia terjumpa sebuah penempatan kecil Melayu di kuala Sungai Singapura yang dipimpin oleh seorang gabenor (Temenggung) Johor. Walaupun pulau itu ukuran dasar diperintah oleh kesultanan, situasi politik di sana sangat keruh. Sultan saat ini, Sultan Abdul Rahman, berada di bawah pengaruh Belanda dan Bugis. Oleh kerana itu, dia tidak akan pernah bersetuju untuk menubuhkan pangkalan British di Singapura. Namun, Tengku Abdul Rahman adalah penguasa hanya kerana abangnya, Tengku Hussein atau Tengku Long, telah pergi di Pahang berkahwin ketika bapa mereka meninggal dunia pada tahun 1812. Dia dilantik oleh Yam Tuan Muda Riau, Raja Jaafar kerana menurut dia, dalam tradisi Melayu, pengganti sultan itu harus berada di sisi sultan ketika sultan mangkat agar boleh dianggap sebagai penguasa baru. Namun hal ini harus diputuskan oleh Bendahara sebagai penjaga "adat".
Adik Raja Jaafar's, permaisuri Sultan terdahulu, memprotes keras pada tindakan abangnya dengan kata-kata ramalan, "... Adat warisan mana yang diikuti? perbuatan tidak adil seperti ini akan menyebabkan Kesultanan Johor hancur !!!". Permaisuri memegang alat kebesaran diraja Johor dan tidak mahu menyerahkannya untuk majlis penabalan Sultan baru.

Bendahara Ali (Raja Bendahara Pahang, Bendahara Empayar Johor) sedar akan masalah ini dan memutuskan untuk bertindak. Dia telah menyiapkan armada kapal ke Riau untuk "memulihkan adat". Inggeris setelah mengetahui hal ini mengutus armada dan mengepung angkatan Bendahara Ali untuk menghalangnya pergi ke Riau. Dengan bantuan Temenggung, Raffles berjaya menyeludup Tengku Hussein, yang tinggal dalam buangan di salah satu Kepulauan Riau, kembali ke Singapura. Berdasarkan surat antara Tengku Hussain yang diutuskan kepada saudaranya (Sultan Abdul Rahman), ia berangkat ke Singapura kerana bimbang tentang keselamatan anaknya. Sayangnya dia ditangkap oleh Raffles dan dipaksa untuk membuat perjanjian. Perjanjian mereka menyatakan bahawa Inggeris akan mengakui Tengku Hussein sebagai 'penguasa sah' "Johor", dan dengan demikian Tengku Hussein dan Temenggung akan menerima gaji tahunan dari Inggeris itu. Sebagai ganjaran, Tengku Hussein akan membolehkan Raffles mendirikan pos perdagangan di Singapura. perjanjian ini telah diratifikasi pada 6 Januari 1819.

Bendahara Ali diminta oleh Inggeris untuk mengakui Tengku Hussein sebagai Sultan yang sah. Namun, Bendahara Ali telah menyatakan bahawa ia tidak ada hubungannya dengan kejadian di Singapura, kerana ia merupakan tanah kekuasaan Temenggung dan menyatakan bahawa kesetiaannya terletak pada Sultan Johor sebenar di Lingga.

Pada tahun 1818, Sir Stamford Raffles dilantik sebagai Gabenor Bengkulu di Sumatera Barat. Namun, ia yakin bahawa Inggeris diperlukan untuk mendirikan pangkalan baru di Asia Tenggara untuk bersaing dengan Belanda. Meskipun banyak di British East India Company menentang idea seperti itu, Raffles berjaya meyakinkan Tuhan Hastings Syarikat, kemudian Gabenor Jeneral India, ke samping dengan dia. Dengan persetujuan gabenor jeneral, dia dan ekspedisi berangkat untuk mencari markas baru.

ekspedisi Raffles tiba di Singapura pada 29 Januari 1819. Ia menemukan sebuah pemukiman Melayu kecil di mulut Singapore River yang dipimpin oleh seorang gabenor (Temenggung) Johor. Walaupun pulau itu ukuran dasar diperintah oleh kesultanan, situasi politik di sana sangat keruh. Sultan saat ini, Tengku Abdul Rahman, berada di bawah pengaruh Belanda dan Bugis. Oleh kerana itu, dia tidak akan pernah bersetuju untuk pangkalan British di Singapura. Namun, Tengku Abdul Rahman adalah penguasa hanya kerana abangnya, Tengku Hussein atau Tengku Long, telah pergi di Pahang berkahwin ketika bapa mereka meninggal dunia pada tahun 1812. Dia dilantik oleh Yam Tuan Muda Riau, Raja Jaafar kerana menurut dia, dalam tradisi Malaysia, seseorang itu harus berada di sisi sultan sekarat itu agar boleh dianggap sebagai penguasa baru. Namun hal ini harus diputuskan oleh Bendehara sebagai penjaga "adat". dipercayai, kakak tidak senang dengan pembangunan. adik Raja Jaafar's, ratu Sultan terlambat, memprotes keras pada tindakan kakaknya dengan kata-kata kenabian, "... yang adat suksesi sedang diikuti perbuatan tidak adil seperti ini akan menyebabkan Kesultanan Johor? dihancurkan !!!". Dan dia diadakan pada tanda-tanda kebesaran kerajaan menolak untuk menyerah itu.Bendehara Ali dibuat sedar akan urusan suksesi dan memutuskan untuk bertindak. Dia telah menyiapkan armada kapal ke Riau untuk "mengembalikan adat". Inggeris setelah mengetahui hal ini mengutus armada dan setup kepungan untuk menghentikan kekuatan Bendehara Ali dari maju. Dengan bantuan Temenggung itu, Raffles berjaya menyeludup Hussein, kemudian tinggal di pengasingan di salah satu Kepulauan Riau, kembali ke Singapore.According korespondensi antara Tengku Hussain dan saudaranya, ia berangkat ke Singapura dari keprihatinan tentang keselamatan anaknya. Sayangnya dia ditangkap oleh Raffles dan dipaksa untuk membuat perjanjian.  perjanjian setia mereka menyatakan bahawa Inggeris akan mengakui Tengku Hussein sebagai penguasa "sah" daripada "Johor", dan dengan demikian Tengku Temenggung Hussein dan akan menerima gaji tahunan dari Inggeris itu. Sebagai ganjaran, Tengku Hussein akan membolehkan Raffles mendirikan pos perdagangan di Singapura. perjanjian ini telah diratifikasi pada 6 Januari 1819. Bendehara Ali diminta oleh Inggeris untuk mengakui Tengku Hussein sebagai penguasa. Namun, Bendehara Ali telah menyatakan bahawa ia tidak ada hubungannya dengan kejadian di Singapura, kerana ia merupakan tanah perdikan yang Temenggung dan menyatakan bahawa kesetiaannya terletak pada Sultan Johor di Lingga.


Perjanjian Anglo-Belanda


Belanda sangat tidak senang dengan tindakan Raffles. Ketegangan antara Belanda dan Inggeris di Singapura berterusan sehingga tahun 1824, ketika mereka menandatangani Perjanjian Anglo-Belanda. Menurut syarat-syarat perjanjian itu, Belanda secara rasmi menarik balik penentangan mereka terhadap kehadiran British di Singapura. Banyak sejarawan berpendapat bahawa perjanjian itu membahagikan lingkaran pengaruh antara Belanda dan Inggeris; Kesultanan Johor ke Johor moden dan kelahiran negeri baru Riau-Lingga selepas pemecatan Sultan terakhir dari Johor. Namun perjanjian ini ditandatangani diam-diam tanpa sepengetahuan bangsawan tempatan termasuk Sultan dan kerananya legitimasinya dipertanyakan. Hal ini serupa dengan Perang Dunia 2 persidangan di Yalta di mana Stalin, Roosevelt dan sekutu lain bersetuju untuk berkongsi dunia yang dikenal dalam blok-blok kuasa timur dan barat sementara Jerman dan Jepun masih berdaulat. Inggeris berjaya dikesampingkan pengaruh politik Belanda dengan mewartakan Sultan Hussein sebagai Sultan Johor dan Singapura untuk mendapatkan pengakuan hukum dalam lingkup pengaruh mereka di Singapura dan Semenanjung Malaysia. Legitimasi proklamasi Sultan Hussein sebagai Sultan Johor dan Singapura, adalah tidak diakui oleh semua pemerintah Melayu dan gelaran 'sultan'nya hanya sekadar nama. kedudukan Temenggong Abdul Rahman, di sisi lain, diperkuatkan sebagai penandatanganan perjanjian yang mengasingkannya dari pengaruh Raja Ja'afar (Yam Tuan Muda Riau). Sementara itu, Sultan Abdul Rahman dilantik sebagai Sultan Lingga pada bulan November 1822, lengkap dengan alat-alat kebesaran diraja Empayar Johor. Sultan Abdul Rahman, seorang yang warak, menjadi puas hati dengan lingkup politik pengaruhnya di Lingga, di mana keluarganya terus mempertahankan rumah tangganya pentadbiran di bawah arahan Raja Ja'afar yang memerintah di bawah naungan dari Belanda.



Kuasa-kuasa yang berminat


Para pelakon di atas pentas ini adalah tiga pihak; kuasa Penjajah Inggeris dan Belanda, para bangsawan yang membuat perjanjian dengan Belanda iaitu Raja Jaafar, Yam Tuan Muda dari Riau dan Temenggung Abdul Rahman, dari Johor dan Singapura, pihak istana Johor yang terdiri dari Sultan Abdul Rahman dan Bendahara tidak menyedari perjanjian ini kerana perjanjian ini tidak ditandatangani tanpa sepengetahuan mereka. Kerana perjanjian tidak diiktiraf oleh Sultan dan Bendahara, orang Melayu tidak memberi memperhatikan setiap tindakan kuasa penjajah.
Yam Tuan Muda (Gabenor Riau) telah melakukan pengkhianatan dengan "menjual" kedaulatan Johor, tetapi tidak Sultan atau Bendahara kerana mereka bukan merupakan pihak yang terlibat dalam perjanjian. Adalah salah untuk membuat penilaian bahawa Sultan tidak mematuhi perjanjian 1830. Perjanjian itu ditandatangani secara rahsia dan butirannya hanya diketahui pada tahun 1855. Pada kenyataannya, Sultan adalah memiliki hak kedaulatan dan menuntut taat setia dari semua pembesar Empayar Johor. Adapun Temenggung, ia menguatkan kedudukannya dalam persiapan perubahan nasib Kesultanan Johor, bersiap-siap untuk memiliki persahabatan dengan United Kingdom dan berkongsi kekayaan dengan British di saat keruntuhan Kesultanan Johor. Hal ini terbukti benar berlaku apabila anak Temenggong Ibrahom, Temenggong Abu Bakar (kemudian menjadi Sultan Abu Bakar) bercita-cita menjadi Sultan Johor.

Sultan cuba membaiki keadaan


Sultan Abdul Rahman meninggal dunia pada tahun 1832 dan digantikan oleh puteranya, Sultan Muhammad Shah (berkuasa 1832-1841). Raja Jaffar, Yam Tuan Muda Riau meninggal dan Sultan tidak tergesa-gesa untuk mengangkat pengganti. Sultan melihat kerosakan yang dilakukan ke Istana dalam kerajaan ayahnya dan memutuskan untuk memperbetulkan dan mengembalikan adat sebagai peraturan yang mengatur perilaku peribadi dan politik. Dia memanggil Bendahara Ali (Raja Bendahara Pahang) untuk Lingga. Di Lingga, pendalaman fungsi adat diadakan. Bendahara melakukan upacara (sesuai adat) yang bertujuan untuk mendidik bangsawan dan Sultan tentang tugas dan tanggung jawab masing-masing. Islam dan politik telah dibahas. Ini dihadiri oleh seluruh bangsawan dari seluruh Empayar Johor, maka, membuktikan bahawa 'Sultan' di Singapura (Tengku Hussein) tidak diakui oleh orang Melayu. Upacara juga meliputi penabalan Tengku Mahmud (kemudian memerintah sebagai Sultan Mahmud Muzaffar) sebagai putera mahkota dan Tun Mutahir sebagai bakal Bendahara. Pada 1841, Bendahara Ali melantik Temenggung Ibrahim untuk menggantikan ayahnya yang meninggal pada 1825. Jarak waktu yang lama ini kerana ketidaksenangan Bendahara atas isu Singapura. Syarat telah dikenakan selama pelantikan termasuk dikehendaki membuat kunjungan kepada Sultan Mahmud Muzaffar yang berkuasa di Lingga sebagai tanda taat setia yang mengembirakan Tuanku Sultan. 'Sultan Hussein' Singapura telah meninggal pada tahun 1835 dan puteranya, Tengku Ali berharap legitimasi yang diberikan kepada Temenggung Ibrahim dberlakukan juga kepadanya. Inggeris meneruskan permintaan itu pada tahun 1841 kepada Bendahara. Bendahara Ali menolak untuk mengambil bahagian dalam pengkhianatan ini. Setelah menunggu sejak 1835 untuk ditabalkan sebagai Sultan, pada tahun 1852 Tengku Ali memutuskan untuk 'kembali ke Johor' dengan menyatakan penghormatan dan taat setia kepada Sultan Mahmud Muzaffar di Lingga. Selama tiga tahun Empayar Johor bersatu kembali lagi kecuali Singapura. Bimbang dengan keadaan saat ini, Inggeris memanggil Tengku Ali kembali ke Singapura dan mengancam untuk membatalkan persaraannya. Di Singapura, ia sering dikunjungi oleh Sultan Mahmud Muzaffar dan hubungan mereka rapat.

Berakhirnya Empayar Johor


Inggeris bimbang lalu terpaksa melaksanakan perjanjian 1855 antara Tengku Ali dan Temenggung Ibrahim. Dalam pertukaran untuk pengakuan sebagai 'Sultan', Tengku Ali bersetuju untuk 'menyerahkan semua Johor'. Perjanjian itu hanya mengesahkan terus kekuasaan Temenggung di wilayahnya. Perjanjian ini bertujuan untuk menguatkan kedudukan Temenggung Ibrahim, sekutu utama Inggeris. Bendahara Ali ditanya oleh Sultan Mahmud Muzaffar tentang perjanjian 1855. Dalam jawapannya, Bendahara menegaskan kembali tentang Temenggung seharusnya bersumpah setia kepada baginda dan perbuatan Tengku Ali, Bendahara tidak mengetahuinya. Beliau juga menegaskan bahawa dia bukan merupakan pihak yang terlibat dalam sebarang perbincangan dengan Inggeris atau Belanda. Belanda juga sangat bimbang. Tampaknya Sultan bertindak sendiri dan tidak mahu mendengar nasihat Yam Tuan Muda Riau yang dipengaruhi Belanda dan bangsawan Bugis. Hal ini mencetuskan menjadi pertikaian terbuka antara Sultan Mahmud Muzaffar dan bangsawan Bugis atas perlantikan Yam Tuan Muda Riau yang baru. Calan untuk jawatan itu dipersetujui oleh bangsawan Bugis dan Belanda. Sultan tidak suka mempunyai Yam Tuan Muda yang dipengaruhi kuasa asing. Kebuntuan ini menyebabkan sultan belayar ke Singapura untuk bertenang. Semasa Sultan Mahmud Muzaffar Syah berada di Singapura, baginda disingkirkan dari jawatan Sultan Empayar Johor oleh bangsawan Bugis pada 1857.

Pemisahan


Setelah pembuangan bekas Sultan Johor, bangsawan bugis melantik sultan baru, Sultan Sulaiman Badrul Shah, Sultan "baru" bagi kerajaan Riau-Lingga didirikan atas sisa Empayar Johor. Sultan menandatangani perjanjian dengan Belanda. Dalam perjanjian tersebut ia bersetuju untuk mengakui kedaulatan Belanda terhadap kerajaannya. Hanya dengan sebatang pena, dia memecahkan Empayar Johor menjadi 2 bahagian besar dan telah menyerah kedaulatan bahagian wilayah kekuasaannya kepada Belanda. Ini juga menandakan berakhirnya kesultanan Johor sebagai penerus Kesultanan Melaka. Pembahagian ini berlangsung tetap hingga ke hari ini sebagai sempadan Malaysia-Indonesia.

Johor dan Pahang


Selepas Sultan Mahmud Muzaffar digulingkan dan Sultan baru menyatakan wilayahnya yang baru sebagai berasingan dari Empayar Johor dahulu, itu mirip dengan seekor kambing disembelih dengan Sultan (sebagai badan) dan Riau-Lingga yang diwakili oleh kepala. Bendahara sekarang ini menjadi ketua besar kepada sisa-sisa Empayar Johor berperanan sebagai pelindung adat. Temenggung Ibrahim dari Johor memahami situasi ini dan akan menandatangani perjanjian dengan Bendahara Tun Mutahir dari Pahang pada 1861. Perjanjian itu mengakui wilayah Johor (darat), dimiliki oleh keturunan Temenggung dan keturunannya untuk memerintah, pengakuan perlindungan bersama antara Pahang dan Johor. Dengan penandatanganan perjanjian ini, sisa-sisa Empayar menjadi 2 negara merdeka, Johor dan Pahang.



Dinasti Temenggong


Pada tahun 1855, di bawah perjanjian di antara British di Singapura dan Sultan Ali dari Johor, kuasa memerintah Johor diserahkan kepada Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim dengan Muar masih lagi di bawah kekuasaan sultan. Muar kemudiannya diserahkan kepada Temenggung Ibrahim pada tahun 1877. Temenggung Ibrahim membuka sebuah bandar iaitu Bandar Tanjung Puteri di selatan Johor dan menjadikannya sebagai sebuah bandar utama. Bandar Tanjung Puteri kemudiannya dikenali sebagai Johor Bahru.
Temenggung Ibrahim kemudiannya digantikan oleh anaknya, Temenggung Abu Bakar yang kemudiannya memegang gelaran Seri Maharaja Johor. Pada tahun 1866, dia dilantik menjadi sultan Johor secara rasmi. Sultan Abu Bakar Daeng Ibrahim memperkenalkan sebuah perlembagaan dan menubuhkan sebuah sistem pentadbiran yang cekap dan berkesan. Baginda juga memerintahkan dibinanya Istana Besar, tempat tinggal rasmi sultan. Sultan Abu Bakar kemudiannya dikenali sebagai Bapa Johor Moden.
Johor juga menikmati pembangunan ekonomi yang cemerlang. Permintaan lada hitam dan gambir yang tinggi pada kurun ke-19 menyebabkan pembukaan ladang-ladang baru dan kemasukan buruh Cina secara beramai-ramai. Sistem Kangchu dilaksanakan.
Pada tahun 1914, Sultan Ibrahim ibni Sultan Abu Bakar terpaksa menerima seorang Penasihat British.



Malaysia dan Johor


Perang Dunia II meletus pada tahun 1939. British yang bertanggungjawab dalam aspek pertahanan Johor dikalahkan dengan mudah oleh tentera Jepun. Jepun menduduki Johor dari tahun 1941 hingga tahun 1945.
Selepas tamatnya peperangan, British kembali ke Johor dan pada tahun 1946, Johor menjadi sebahagian daripada Malayan Union. Nasionalisme Melayu yang diketuai oleh Dato' Onn Jaafar daripada UMNO menyebabkan Malayan Union dibatalkan dan digantikan dengan Persekutuan Tanah Melayu. Tanah Melayu kemudiannya mencapai kemerdekaan pada 31 Ogos 1957 dan kemudiannya pada tahun 1963, Johor adalah salah satu daripada 14 buah negeri yang menyertai Malaysia.